Merci, je viens de m'inscrire et demander l'accès.
Clairement je n'aurais jamais du toucher à ces outils en solitaire.

Voici un exemple :
/*
This has been generated by the overpass-turbo wizard.
The original search was:
“amenity=pharmacy and healthcare!=pharmacy”
*/
[out:json][timeout:25];
// gather results
(
// query part for: “amenity=pharmacy and healthcare!=pharmacy”
node["amenity"="pharmacy"]["healthcare"!="pharmacy"]({{bbox}});
way["amenity"="pharmacy"]["healthcare"!="pharmacy"]({{bbox}});
relation["amenity"="pharmacy"]["healthcare"!="pharmacy"]({{bbox}});
);
// print results
out body;
>;
out skel qt;

J'ai ensuite ouvert JOSM en ouvrant le fichier directement sans passer par un import.
Et j'observe qu'il y a bien une clef @id du type "@id=node/2021727484" pour chacun des noeuds

Désolé pour la mauvaise manip. Je serais beaucoup plus vigilant la prochaine fois et je demanderai de l'aide pour des modifications massives. J'avais pour objectif de purger la plupart des alertes mineures tag obsolètes. Mais cela dépassait à priori mes compétences. Encore toutes mes excuses pour le bazar que cela a provoqué.

non j'ai fait un simple export geojson depuis overpass-turbo. Les ids étaient bien présents ce qui permet j'imagine d'éviter les doublons. il y avait quelques alertes de validations mais aucun lié aux modifications. J'ai également fait par inexperience. des aneries sur des vignes avec josm, mais cette fois-ci en ajoutant des tags sur les ways ET les nodes. Je pense tester mes prochaines éditions sur la version bac à sable, je manque clairement de compétences et de méthode dans le domaine de l'édition massive.

Je suis tellement désolé d'avoir fait ça. J'ai récupéré avec turbopass les pharmacie dans josm et j'ai ajouté le tag healthcare=pharmacy comme c'est préconisé dans les alertes mineures. J'étais loin d'imaginer que ça créérait des doublons encore moins des clefs avec des id. Je n'ai pas spécialement eu d'alerte dans le validateur de josm. J'avais procédé à une premier test sur 1 pharmacie sans noté d'erreur particulière après l'édition.
Je vais me rapproché de la communauté pour voir comment il est possible de corrigé globalement toutes les issues basiques. Peut-etre faudrait il mettre en place quelques garde-fous pour éviter ce genre de bévue (validation obligatoire sur des modifications massives par exemple) ?

Sorry it was a very Bad Idea to use JOSM.