На карте Ярославской области (для ГИС Русса, дата карты - 16 января 2010 г.) пропало Рыбинсков водохранилище на масштабах выше 3 км.

Такая проблема действительно есть. Причина в том, что некоторые уважаемые товарищи сменили тип полигона с natural=water на landuse=reservoir +waterway=riverbank.

как итог, водохранилище опустилось с 3-го уровня на 2-й, из "озера среднего" став "рекой большой"

Как нужно интерпретировать landuse=reservoir я не знаю, внятного описания на вики ( RU:Tag:landuse=reservoir) нет.

Так что пока нет внятного описания, из которого было бы понятно, что такое landuse=reservoir, на какие объекты его надо ставить, на какие не надо, по каким признакам отличать водохранилище от неводохранилища, из тега landuse=reservoir никакой полезной информации извлечь нельзя, в частности до какого уровня детализации его показывать.

Вопрос обсуждается, как обычно, на форуме.